Description
Durchblick durch die Informationsflut einer aufstrebenden Wissenschaft Als die Bioinformatik noch in den Kinderschuhen steckte, waren Programmierkenntnisse ntig, um mit den kryptischen Programmen zu arbeiten. Ihren Boom verdankt sie dem rasanten Wachstum im Bereich Informatik und den damit einher gehenden Hard- und Software-Entwicklungen sowie dem Siegeszug des WWW. Heute gehren Techniken wie Sequenzsuchen mit dem BLAST-Algorithmus, paarweise und multiple Sequenzvergleiche, Abfragen biologischer Datenbanken, die Erstellung phylogenetischer Untersuchungen und vieles mehr zum tglichen Handwerkszeug eines Naturwissenschaftlers. Der Leser lernt die biologischen Grundlagen, die Werkzeuge der Bioinformatik, ihre Verfgbarkeit, den Ort ihrer Verfgbarkeit und ihr sicheres Handhaben kennen. bungen, die an jedem PC mit Internetzugang durchgefhrt werden knnen, helfen, das Gelernte zu vertiefen. Diese Einfhrung in die “angewandte Bioinformatik” strukturiert eine komplexe wissenschaftliche Thematik. 1 Computer, Betriebssysteme und Internet.- 1.1 Computer und Betriebssysteme.- 1.2 Internet und WWW.- 1.3 Die physikalische Anbindung an das Internet.- 1.4 Die logische Anbindung an das Internet.- 1.5 Internet-Services.- 1.5.1 Email.- 1.5.2 News.- 1.5.3 FTP.- 1.5.4 WorldWide Web.- 1.6 Die Benutzung von Unix.- 1.7 bungen.- 1.8 WWW-Verweise.- 1.9 Literatur.- 2 Die biologischen Grundlagen der Bioinformatik.- 2.1 Nukleinsuren und Proteine.- 2.2 Aufbau der Nukleinsuren DNA und RNA.- 2.3 Die Speicherung der genetischen Information.- 2.4 Aufbau der Proteine.- 2.4.1 Primrstruktur.- 2.4.2 Sekundrstruktur.- 2.4.3 Tertir- und Quartrstruktur.- 2.5 bunge.- 2.6 WWW-Verweise.- 2.7 Literatur.- 3 Biologische Datenbanken.- 3.1 Biologisches Wissen wird in globalen Datenbanken gespeichert.- 3.2 Primre Datenbanken.- 3.2.1 Nukleotid-Sequenzdatenbanken.- 3.2.2 Protein-Sequenzdatenbank.- 3.3 Sekundre Datenbanken.- 3.3.1 PROSITE.- 3.3.2 PRINTS.- 3.3.3 Pfam.- 3.3.4 Interpro.- 3.3.5 SCOP.- 3.3.6 CATH.- 3.4 bunge.- 3.5 WWW-Verweise.- 3.6 Literatur.- 4 Sequenzvergleiche und sequenzbasierte Datenbanksuchen.- 4.1 Paarweise und multiple Sequenzvergleiche.- 4.2 Datenbanksuchen mit Nukleotidund Proteinsequenzen.- 4.2.1 Wichtige Algorithmen zur Datenbanksuche.- 4.3 Software zur Sequenzanalyse.- 4.4 Obunge.- 4.5 WWW-Verweise.- 4.6 Literatur.- 5 Die Entschlsselung eukaryotischer Genome.- 5.1 Die Sequenzierung kompletter Genom.- 5.1.1 Die Charakterisierung von Genomen mit STS- und EST-Sequenzen.- 5.1.2 Genetische Ursachen fur individuelle Unterschiede.- 5.2 bungen.- 5.3 WWW-Verweise.- 5.4 Literatur.- 6 Proteinstrukturen und Structure-Based-Rational-Drug-Design.- 6.1 Proteinaufba.- 6.2 Signalpeptide.- 6.3 Transmembranproteine.- 6.4 Proteinstrukturanalyse.- 6.4.1 Proteinmodellierung.- 6.4.2 Die Bestimmung von Proteinstrukturen im Hochdurchsatzverfahren.- 6.5 Structure-Based-Rational-Drug-Design.- 6.5.1 Ein Beispiel fur Docking.- 6.5.2 Erfolge des Structure-Based-Rational-Drug-Designs.- 6.6 bunge.- 6.7 WWW-Verweise.- 6.8 Literatur.- 7 Die funktionelle Analyse von Genomen.- 7.1 Die Identifizierung der zellularen Funktionen von Genprodukten.- 7.1.1 DNA-Microarrays.- 7.1.2 Serial Analysis of Gene Expression.- 7.1.3 Proteomics.- 7.2 bungen.- 7.3 WWW-Verweise.- 7.4 Literatur.- 8 Vergleichende Genomanalysen.- 8.1 Das Zeitalter der Genomsequenzierung.- 8.2 Wirkstoffforschung am Zielprotein.- 8.3 Vergleichende Genomanalysen geben Aufschluss ber die Biologie von Organismen.- 8.3.1 Die Genomstruktur.- 8.3.2 Kodierende Regionen.- 8.3.3 Nicht-kodierende Regionen.- 8.4 Vergleichende Stoffwechselanalysen.- 8.4.1 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes.- 8.5 Gruppen orthologer Proteine.- 8.6 bungen.- 8.7 WWW-Verweise.- 8.8 Literatur.- Lsungen zu den bungen.
